在李研山的全部作品中，花鳥畫所佔的比重不大。他並非不喜花鳥或不善花鳥，只不過他在創作力最旺盛時主力集中於山水畫而已。此外，大概他以為花鳥為題材似乎在小品中採用更覺適宜，所以在扇面和册頁上，以花鳥為內容的就較為多一些。
在他早期的繪畫上大概也有過一些着色艷麗的花鳥之作。可是他沒有繼續往這方面發展，只是在扇面和册頁上留下一些這類畫的痕跡。到了後期，他發展了一些以水墨為主的花鳥畫，顯現出一種高古的氣質。最後，在他逝世前他有開創周之冕、華嵒一類的新的花鳥畫風之意。他最後的一幅作品就是花鳥畫——《祝壽圖》，內容是兩隻「授帶」鳥立於枝上，下為竹石。也許可以說，這幅畫是他的「臨終寄意」，他沒有寄意在「山水」上，反而寄意於「花鳥」中，花鳥畫顯然在他心中也佔據着相當重要的位置。
他晚期所作的「花鳥」題材似乎略為偏窄，不過，我們必須這樣去理解：從作畫的情意而言，就像古人作「四君子畫」那樣，作「花鳥畫」實質是借一些花鳥的形象來象徵式地「寄情」和「明志」而已。有「凌波仙子」之稱的水仙花是李研山的著名「畫種」之一。每年新春，放在案頭上的水仙必然成為他新春試筆的對像，而且習以為常，從不間斷。溥心畬過訪李研山時，對他畫的水仙極為讚許，尤其是寫在扇面上的一幅水仙（見小品册），認為實在是功深力厚、不可多得的傑作，還謙虛地表示實非自己所能為之。