在李研山的全部作品中，花鸟画所占的比重不大。他并非不喜花鸟或不善花鸟，只不过他在创作力最旺盛时主力集中于山水画而已。此外，大概他以为花鸟为题材似乎在小品中采用更觉适宜，所以在扇面和册页上，以花鸟为内容的就较为多一些。
在他早期的绘画上大概也有过一些着色艳丽的花鸟之作。可是他没有继续往这方面发展，只是在扇面和册页上留下一些这类画的痕迹。到了后期，他发展了一些以水墨为主的花鸟画，显现出一种高古的气质。最后，在他逝世前他有开创周之冕、华岩一类的新的花鸟画风之意。他最后的一幅作品就是花鸟画——《祝寿图》，内容是两只「授带」鸟立于枝上，下为竹石。也许可以说，这幅画是他的「临终寄意」，他没有寄意在「山水」上，反而寄意于「花鸟」中，花鸟画显然在他心中也占据着相当重要的位置。
他晚期所作的「花鸟」题材似乎略为偏窄，不过，我们必须这样去理解：从作画的情意而言，就象古人作「四君子画」那样，作「花鸟画」实质是借一些花鸟的形象来象征式地「寄情」和「明志」而已。有「凌波仙子」之称的水仙花是李研山的著名「画种」之一。每年新春，放在案头上的水仙必然成为他新春试笔的对象，而且习以为常，从不间断。溥心畬过访李研山时，对他画的水仙极为赞许，尤其是写在扇面上的一幅水仙（见小品册），认为实在是功深力厚、不可多得的杰作，还谦虚地表示实非自己所能为之。