石溪壶馆虽然很有情调,但到底是卫生条件不佳。随着香港工业的发展,石屋附近开始搬进了不少小型工厂,导致空气严重污染。本来还算雅致的环境日趋恶化。与此同时,李研山的健康状况也渐趋恶化,胃病、哮喘、心藏衰弱等病他都患上了。很多朋友把他身体不好的原因,都归究于日趋恶化的居住环境上。或许,他长期终日埋头于纸笔卷籍之中,又缺少运动也大有关系。
虽然身体不好又精神欠佳,但是他的创作欲念仍然很旺盛。一九六〇年间,他开始计划编他的「竹谱」。他写竹、写花鸟,此时笔下显得更洗练和粗放,形成另一面貌与风格。因为身体精神欠佳,也无法再埋头于那些颇费时日的精心巨作了。他的日常生活也没有太大的改变,都是照常工作、读书、接见每日来访的人和教授几个来学画的弟子。
到了一九六一年五月间,他的朋友陈达明医生为他检查身体,发觉他已经很衰弱了,但是一时也没有严重的病状。五月十日的日间,他和平时一样读点书、写点字,晚上就寝前还吃了一杯麦片。可是到了五月十一日的凌晨,就被发觉在睡梦中宁静地与世长辞了。十一日的清晨,这位一代画坛巨匠的噩耗已经为亲友们获知了,这消息也在当天各大报章发表出来,惊动了整个香港文化艺术界。
对于一位品格高尚的国画大师的逝世,人们是怀着真正惋惜和景仰的心情来悼念的。他的丧礼在九龙殡仪馆举行,前来参加吊唁的各方面人仕超过二千人,其中有好些是素未谋面、纯是慕名而来的致哀者。这种自发而感人的丧礼情景,反映了人们对这一位有卓越成就的艺术家的衷心景仰和爱戴。
在李研山逝世后的一段期间,各报章连续发表了不少纪念他的文章,文章的作者有生前友好和著名的各界人士,内容大都是作者的亲身感受和对研山的动人事迹及品格的追忆,清楚地说明他尚活在大家的心里。六月二十七日,文化艺术界知名人仕和市美留港同学会还在九龙总商会为他开了一次盛大的追悼会。整个社会因失去这一位国画大师而表示了极大的哀痛和追惜。
李研山逝世后,溥心畬曾题诗一首,以表示对故人怀念之情: