日軍佔領香港後，自然還遇到了一番艱辛。一九四二年春節前數日，李研山幸運地搭到了第一班開往澳門的船。在澳門，親友們為他慶幸逃出虎口之餘，很快地幫助了他安身立命。他不久就受到這小城裡有地位的人的重視，使他在極短期間內便建立起一個真正足以稱作畫室的地方。畫室位於葛地利亞街的一間葡萄牙式的房子裡，窗明几淨，地方寬敞。他的作品也為有識之士爭相競購，所題之上款甚至包括澳門總督某某將軍等名人。這裡相對優良的環境與處境確實使他精神為之一振。
其時他每天清晨步上松山，繞行一週後始回家作畫，生活極有規律。空閒時即信步前往舊物攤檔，看看是否有因戰亂而流失到市面的藝林珍寶。從《石溪壺館試茶圖》裡可以看到畫家當時的開朗心境，其款識曰：「余得石溪沙壺，客來試茗，斯畫適成，因命為石溪壺館試茶圖。」其時為端午節後二日，這就是他著名的齋號「石溪壺館」（「石谿壺館」）的命名由來。石溪壺館的四壁滿掛其新作，詩情畫意，氣象萬千。
雖然他個人的處境比在香港時候好得多，但是澳門的整體環境卻日益惡劣。糧食短缺，餓莩遍地，人吃人的新聞時有所聞，他覺得在這個地方生活下去也非長久之計。到了一九四三年，他去了廣州灣（即今之湛江），廣州灣那時還是法國的殖民地，與港澳性質差不多，但便於轉入桂林、重慶，這也是日軍佔領香港後很多人返回內地所走的一條路。
到了廣州灣之後，他獲得當地聞人陳翰華的照料，以學長之尊被安置下來。於是，他不再前行了，安心在那裡讀書和作畫，度過了八年抗戰的最後兩年。期間在當地一間中學也兼任了幾堂課，以打發多餘的時間。大戰結束前幾個月，他到茂名縣縣城去，那裡有他的一些學生擔任要職，讓他以老師的身份小住下來。
他挾着禿筆走天涯，度過了整段抗戰期間的生活。雖說這八年戰亂的生活沒有發生過什麼戲劇性的逸事，但作為一個國畫家來說，卻帶來了一定的意義。
李研山認為對一個畫家首要和根本的要求就是「養志」和「求格」。何謂求格？清沈宗騫之《芥舟學畫編》曰：「夫求格之高，其道有四：一曰清心地以消俗慮，二曰善讀書以明理境，三曰却早譽以幾遠到，四曰親風雅以正體裁。」李研山說：「所論精要透闢，甚得余心。」假如以此四大求格標準來衡量，他的確是完全合乎要求的。