日军占领香港后，自然还遇到了一番艰辛。一九四二年春节前数日，李研山幸运地搭到了第一班开往澳门的船。在澳门，亲友们为他庆幸逃出虎口之馀，很快地帮助了他安身立命。他不久就受到这小城里有地位的人的重视，使他在极短期间内便建立起一个真正足以称作画室的地方。画室位于葛地利亚街的一间葡萄牙式的房子里，窗明几净，地方宽敞。他的作品也为有识之士争相竞购，所题之上款甚至包括澳门总督某某将军等名人。这里相对优良的环境与处境确实使他精神为之一振。
其时他每天清晨步上松山，绕行一周后始回家作画，生活极有规律。空闲时即信步前往旧物摊档，看看是否有因战乱而流失到市面的艺林珍宝。从《石溪壶馆试茶图》里可以看到画家当时的开朗心境，其款识曰：「余得石溪沙壶，客来试茗，斯画适成，因命为石溪壶馆试茶图。」其时为端午节后二日，这就是他著名的斋号「石溪壶馆」（「石谿壶馆」）的命名由来。石溪壶馆的四壁满挂其新作，诗情画意，气象万千。
虽然他个人的处境比在香港时候好得多，但是澳门的整体环境却日益恶劣。粮食短缺，饿莩遍地，人吃人的新闻时有所闻，他觉得在这个地方生活下去也非长久之计。到了一九四三年，他去了广州湾（即今之湛江），广州湾那时还是法国的殖民地，与港澳性质差不多，但便于转入桂林、重庆，这也是日军占领香港后很多人返回内地所走的一条路。
到了广州湾之后，他获得当地闻人陈翰华的照料，以学长之尊被安置下来。于是，他不再前行了，安心在那里读书和作画，度过了八年抗战的最后两年。期间在当地一间中学也兼任了几堂课，以打发多馀的时间。大战结束前几个月，他到茂名县县城去，那里有他的一些学生担任要职，让他以老师的身份小住下来。
他挟着秃笔走天涯，度过了整段抗战期间的生活。虽说这八年战乱的生活没有发生过什么戏剧性的逸事，但作为一个国画家来说，却带来了一定的意义。
李研山认为对一个画家首要和根本的要求就是「养志」和「求格」。何谓求格？清沈宗骞之《芥舟学画编》曰：「夫求格之高，其道有四：一曰清心地以消俗虑，二曰善读书以明理境，三曰却早誉以几远到，四曰亲风雅以正体裁。」李研山说：「所论精要透辟，甚得余心。」假如以此四大求格标准来衡量，他的确是完全合乎要求的。